7월1일부터 농업용 면세유 관리를 위한 면세유류 구입카드제도가 시행될 예정인 가운데 농민단체 등이 면세유 취급수수료 자동이체 출금동의서 서명 거부운동을 벌이기로 하는 등 논란이 일고 있다.  농협중앙회는 2008년 7월1일부터 개정된 면세유류 취급수수료 징수방법이 적용돼 면세유류 구입카드제도를 시행함에 따라 농협은 체크카드 사용시 가맹점 수수료 1.5%를 받을 계획이다.  농협중앙회는 징수배경에 대해 1986년 농업용 면세유류 제도가 시행된 이후 면세유류 관리에 따른 소요비용이 2002년 기준 약 638억원의 취급원가가 발생했으며 2007년말 물가상승율, 농기계 증가율, 업무증가율 등을 감안하면 총 970억원의 취급원가가 발생했다고 밝혔다. 이에 정부는 면세유취급기준을 강화하면서 농업인의 면세유 혜택액이 1조4천억원인점을 고려 2002년부터 최소한 2%의 취급수수료를 농업인이 부담토록 조세특례제한법을 개정했다.   그러나 면세유류 취급 수수료 2%와 체크카드 사용 가맹점 수수료 1.5% 등 3.5%의 수수료를 징수하는 꼴이다.

면세유류 취급수수료 징수에 관한 전결권자가 명시되어 있지 않은 것도 문제다.   또한 모든 농업용 면세유는 면세유류구입카드를 이용해야만 구입 가능하며 통장의 잔고만큼 사용이 가능해 신용불량자나 통장의 잔고가 부족한 농민의 경우 면세유를 구입할 수 없다.

당진군농민회 이덕기 회장은 “면세유 취급 절차가 유가변동에 따라 변화하는 것이 아닌데 정율제로 수수료를 받는 것은 면세유 취급을 통해 수익을 내겠다는 것”이라면서 “수수료를 이중으로 걷는 것은 면세유 공급목적이 농어민의 경감을 위한다는 취지에도 맞지 않기 때문에 취급수수료를 비롯해 가맹점 수수료도 농가에 환원해야 한다”고 주장했다.